Wskazaniami do terapii energotonowej są głównie bóle różnego pochodzenia, np. związane z chorobą zwyrodnieniową i przewlekłymi przeciążeniami, bóle pooperacyjne i pourazowe związane z gojeniem się tkanek oraz nerwobóle. Zabiegi terapii energotonowej stanowią także formę odnowy biologicznej u wyczynowych sportowców.