Zabieg artroskopowy polega na usunięciu torbieli, zamknięciu jej połączenia ze stawem oraz szczelnym zszyciu uszkodzonej torebki stawowej. W przypadku współistniejących chorób wewnątrzstawowych (lub przyczyn wtórnego wystąpienia torbieli) również wykonuje się czynności naprawcze. Artroskopia pozwala w sposób najmniej inwazyjny usunąć wszystkie znane i opisywane podłoża powstania torbieli podkolanowej, co zdecydowanie poprawia efekty leczenia i zmniejsza liczbę jej nawrotów. Wykonuje się ją w przypadku kiedy leczenie zachowawcze nie przynosi zadowalających rezultatów.