Objawy związane z wystepowaniem samej cysty Bakera są bardzo rzadkie, ale jeśli występują, mogą być związane z jej wielkością i zaawansowaniem oraz współistniejącym procesem chorobowym i stanem zapalnym stawu kolanowego. Najważniejszymi symptomami mogącymi świadczyć o występowaniu torbieli podkolanowej są:
- wyraźnie wyczuwalna pod skórą guzowatość, znajdująca się z tyłu kolana
- ból kolana nasilający się przy dłuższym chodzeniu i w trakcie aktywności fizycznej,
- zaczerwienienie oraz ocieplenie w okolicach występowania torbieli pod kolanem,
- obrzęk i uczucie „pełności” w kolanie,
- ograniczenie zgięcia oraz wyprost stawu kolanowego,
- w zależności od wielkości torbieli, mogą wystąpić drętwienia okolicy łydki (także przy pęknięciu cysty), ból oraz obrzęk podudzia,
- ograniczenie funkcji kończyny.