Najczęstszymi wskazaniami są urazy kolana, które wymagają dokładnej diagnostyki uszkodzeń tkanek miękkich i wewnętrznych struktur stawu. Rezonans stanowi złoty standard nieinwazyjnych metod diagnostyki w procesie kwalifikacji pacjenta do zabiegu operacyjnego rekonstrukcji więzadeł krzyżowych czy leczenia pęknięć łąkotek. Badanie MRI znajduje także zastosowanie w każdym przypadku, w którym zdjęcia RTG, tomografia komputerowa oraz USG są niewystarczające do określenia rodzaju i rozległości patologii w obrębie kolana.